保密文件的清退和銷毀是兩種不同的概念。清退是指保密文件在規(guī)定保管期內(nèi)，因完成了所需要的審批、傳閱、歸檔等流程而被退回原單位或是被移交到檔案室等組織的一個過程。在清退環(huán)節(jié)中，必須對保密文件做好查驗(yàn)然后進(jìn)行清點(diǎn)，確保每份保密文件都已按規(guī)定流程處理完畢。

銷毀是指保密文件已經(jīng)過了保管期，無需再保留，要進(jìn)行銷毀處理的一個過程。在銷毀環(huán)節(jié)中，必須對保密文件做好查驗(yàn)然后進(jìn)行清點(diǎn)，確保每份保密文件都已過了保管期，并按規(guī)定的程序進(jìn)行銷毀。

因此，清退和銷毀最大的區(qū)別在于時(shí)間與目的。清退是在保密文件保管期內(nèi)完成流轉(zhuǎn)操作后的歸檔過程，而銷毀則是在保密文件保管期過后，按照相關(guān)規(guī)定展開的銷毀處理。

以上，但不管是哪一種情況下，保密文件在過期后都會由第三方等銷毀專業(yè)機(jī)構(gòu)處理。另外保密文件是指有關(guān)單位或者個人應(yīng)予保障的內(nèi)容。依據(jù)法律規(guī)定，唯有在依法獲得授權(quán)和審批后才能銷毀。